Narra la tradición, recogida por el poeta hispano-romano Aurelio Prudencio, que un seis de agosto de uno de los primeros años del siglo IV de nuestra era (oficialmente se acepta la fecha de 306, aunque algunos autores opinan que quizá pudiera haber sido algún año antes) eran martirizados en la ciudad de Compluto dos hermanos de siete y nueve años llamados Justo y Pastor. ¿Su delito? Proclamarse públicamente cristianos en una época en la que los miembros de esta religión eran perseguidos por los emperadores Diocleciano y Maximiano por todo el ámbito del imperio romano. Juzgados y degollados en el lugar que la tradición denominó con el nombre del Paredón del Milagro (ahora se sabe que se trata de un muro de la antigua basílica de la ciudad, no un templo pese a su nombre, sino la sede del gobierno local), sus cuerpos serían enterrados en el terreno conocido con el nombre de Campo Laudable, situado entonces en el exterior de la ciudad junto a la calzada que discurría entre Mérida y Zaragoza, dado que las leyes romanas prohibían inhumar cadáveres en el interior de las poblaciones.

Otra tradición paralela, profundamente arraigada en la vecina población de Tielmes, afirma que ambos hermanos eran naturales de allí, razón por la que estos dos mártires se constituyen en nexo común entre Alcalá y Tielmes. Asentada en el valle bajo del Tajuña, en el término de esta población de la Alcarria complutense se han encontrado numerosos restos arqueológicos correspondientes a épocas tan lejanas como la romana e incluso la prerromana, razón por la que se tiene la certeza de que estas tierras estaban ya habitadas en los tiempos en los que los Santos Niños fueron degollados.

El martirio de Justo y Pastor no pasó inadvertido, y rápidamente se comenzaron a venerar sus reliquias (la práctica del cristianismo había sido autorizada por el emperador Constantino en el año 313) en una capilla levantada sobre su tumba, justo en el lugar donde ahora se alza la Catedral-Magistral de Alcalá. A partir de entonces fueron varios los autores que dejaron constancia de su presencia: san Paulino de Nola, que visitó Alcalá aproximadamente un siglo después del martirio, san Asturio Serrano, arzobispo de Toledo, a finales del siglo IV o principios del V y san Ildefonso, también prelado toledano, ya en el VII.

De todos ellos el que más relevancia tendría para el futuro del culto a nuestros mártires fue san Asturio, que según la tradición rescató sus reliquias erigiendo acto seguido el obispado complutense, el cual pervivió a lo largo de todo el período visigodo y durante buena parte de la dominación musulmana, aunque en su última época fue trasladado a la vecina Guadalajara.

Asturio no fue el único personaje que fomentó el culto a los dos hermanos. Ya en el siglo VII, en plena época visigoda, san Fructuoso del Bierzo, un noble toledano que renunció a la carrera de las armas para hacerse eremita en las remotas montañas leonesas, fundó cerca de la actual ciudad de Ponferrada el monasterio de Compludo, consagrado a los santos Justo y Pastor. No acabó aquí su actividad misionera, ya que durante el resto de su vida desarrolló una frenética labor de fundación de cenobios por todo el noroeste de la península Ibérica, fruto de la cual el culto a nuestros mártires se extendió por amplias regiones de Galicia, Asturias, León y el norte de Portugal. San Fructuoso acabó sus días en el año 665 como arzobispo metropolitano de Braga, entonces una de las más importantes sedes episcopales del reino visigodo.

Aproximadamente medio siglo después la invasión musulmana de 711 provocó una dramática convulsión en nuestro país, ya que la práctica totalidad del territorio peninsular cayó en manos de los invasores mahometanos en el plazo de muy pocos años. Aunque en un principio éstos permitieron que los cristianos siguieran practicando su religión, fueron muy estrictos en lo tocante a la prohibición de ciertas prácticas que, como el culto a las imágenes o a las reliquias, el Corán consideraba idólatras. Este hecho supuso un obstáculo muy grave dado que el fervor religioso de la época se apoyaba en gran medida en la veneración de las reliquias de los mártires, las cuales en ocasiones llegaron a ser destruidas por los celosos defensores de la fe pregonada por Mahoma. Es entonces, hacia el año 730, cuando aparece otro personaje importante en la historia de los Santos Niños, san Urbicio o san Urbez, que de ambas maneras es conocido.

Urbicio, natural de Burdeos, merced a una serie de avatares mal conocidos acabó recalando en Complutum, cuando la ciudad estaba ya sometida a los musulmanes, de vuelta a su tierra natal. No está demasiado claro si fueron los propios complutenses quienes le entregaron las preciadas reliquias para salvarlas de una posible profanación, o si fue él quien se hizo con ellas sin el consentimiento de sus anfitriones; en cualquier caso, esto ya no importa demasiado. El caso fue que se las llevó consigo en su largo viaje hacia Burdeos, donde residió algún tiempo antes de partir hacia los Pirineos siempre llevándolas consigo.

En un principio Urbicio llevó una vida errante de pastor -así se le representa habitualmente- por las escabrosas estribaciones del Pirineo oscense, entonces una región remota y prácticamente despoblada que había quedado al margen del dominio musulmán, que controlaba no obstante la ciudad de Huesca y la llanura circundante. Más adelante, hacia mediados del siglo VIII, adoptó el santo la vida eremítica y durante algún tiempo habitó en el cenobio de Val de Onsera, donde fue ordenado sacertote. La últipa etapa de su larga vida -murió centenario en 802- transcurrió en el valle de Nocito, en el prepirineo oscense, donde fue enterrado junto con sus inseparables reliquias, alcanzando fama de santidad y recibiendo el sobrenombre de Sol de la montaña.

Durante varios siglos las reliquias permanecieron en Nocito, pero la veneración a los Santos Niños, muy extendida ya por todo el noroeste peninsular gracias a la labor de san Fructuoso, experimentó idéntico proceso por la parte oriental de la península -Pirineos, Cataluña y alto Ebro- merced a la actividad de san Urbicio; y no sólo por España, sino también por el sur de Francia, muy vinculado al reino aragonés durante la Edad Media, revistiendo especial relevancia el caso de la ciudad de Narbona, en cuya catedral, consagradas a nuestros mártires, se veneran sus reliquias. Asimismo, el culto a los santos Justo y Pastor no hizo más que crecer, expandiéndose hacia el sur conforme avanzaba la Reconquista, gracias a la repoblación de las nuevas tierras con gentes venidas del norte que llevaban consigo sus tradiciones y sus devociones.

El territorio del antiguo reino taifa de Toledo, que venía a corresponder de forma aproximada con las actuales comunidades autónomas de Madrid y Castilla la Mancha, fue reconquistado e incorporado al reino de Castilla entre finales del siglo XI y principios del XII. Justo por esas fechas el culto a los Santos Niños sufrió un brusco parón debido a la sustitución de la tradicional liturgia mozárabe, heredada de los visigodos, por la recién llegada liturgia romana, que primaba el culto a los santos principales de la Iglesia (Jesucristo, la Virgen, los apóstoles, obispos, fundadores de órdenes religiosas...) sobre los anteriores cultos a los santos locales, en general mártires de la época romana.

Aunque el culto a los Santos Niños cedió en su expansión, no por ello llegó a detenerse del todo; no al menos en Alcalá, donde probablemente una minoría mozárabe lo mantuvo vivo durante todo el período de dominio musulmán, ni en sus alrededores ya que también existe, o existió, culto suyo en Toledo, Madrid, Tielmes, Los Santos de la Humosa (el nombre del pueblo hace alusión a ellos), Perales del Río o Humanejos, un despoblado situado cerca de la actual localidad de Parla. Aunque resulta difícil fijar la fecha del inicio de su culto en estos lugares, cabe suponer que, al menos en algunos casos, éste arranque de la época de la Reconquista, si no es incluso anterior.

Cristianizada la zona y restaurado el culto a los Santos Niños, quedaba todavía pendiente el tema de las reliquias, que continuaban en Nocito. Pese a las reiteradas reclamaciones complutenses, la actitud de los aragoneses fue de total rechazo a la cesión, total o parcial, de las mismas. A tal grado llegó el enfrentamiento, que los alcalaínos llegaron incluso a intentar robarlas; aunque el robo se frustró, en previsión de posibles intentos futuros las reliquias fueron trasladadas, por razones de seguridad, a la iglesia de San Pedro el Viejo de Huesca, donde todavía hoy continúa estando una parte importante de las mismas.

Finalmente, y tras arduas negociaciones en las que llegó a intervenir el propio rey Felipe II, el papa Pío V promulgó una bula que obligaba a los oscenses a ceder parte de las mismas, que fueron llevadas a Alcalá en una procesión triunfal que hizo su entrada en la engalanada ciudad en febrero de 1568. Las reliquias fueron depositadas solemnemente en la cripta de la iglesia Magistral, conservándose desde el siglo XVIII en una artística arca de plata. El largo viaje entre Huesca y Alcalá trajo como consecuencia la difusión del culto a los Santos Niños por lugares situados en su camino, tales como Zaragoza (Goya los representó, junto con otros mártires, en una de las cúpulas de la basílica del Pilar), Málaga del Fresno (en la provincia de Guadalajara), San Lorenzo del Escorial, a cuya basílica envió Felipe II parte de las reliquias, o la cercana villa de Meco, donde éstas reposaron durante un día antes de entrar en Alcalá por la puerta llamada, desde entonces, de los Mártires. Más tardíamente, y por diferentes circunstancias, Justo y Pastor también comenzaron a ser venerados en lugares tales como Manises (Valencia), Granada (su parroquia fue fundada por el propio cardenal Cisneros poco después de la reconquista de la ciudad en 1492), Cordobilla de Lácara (Badajoz), Palomera (Cuenca), Las Palmas de Gran Canaria, Parla e incluso en la ciudad argentina de San Justo, cercana a Buenos Aires.

Salvadas de la profanación durante la Guerra Civil gracias a que su urna, junto con la de san Diego, fueron ocultadas en el cementerio, las reliquias siguen siendo veneradas en su cripta de la hoy Catedral Magistral complutense, así como también en Tielmes, en cuya parroquia se conserva una parte de las mismas.