Más conocido como Doctor Egidio. Nació en Olvés (Zaragoza) hacia 1500, e ingresó en el Colegio Mayor de San Ildefonso en 1525, graduándose de bachiller en 1527 y doctorándose en Teología en 1533. Fue profesor en Sigüenza y posteriormente en Alcalá, trasladándose posteriormente a Sevilla, donde durante varios años fue canónigo de su catedral.

Convertido en un notable predicador defensor de las ideas erasmistas, en 1549 fue propuesto por el emperador Carlos V para obispado de Tortosa, pero un proceso abierto por la Inquisición provocó la suspensión de su nombramiento. De resultas de éste, en 1552 se vio obligado a retractarse públicamente de sus ideas, permaneciendo un año en prisión. Concluida su condena le fue reintegrada su canonjía, aunque con la prohibición de predicar de por vida. Murió en 1555 y, cuatro años más tarde, se reabrió su proceso condenándole por herejía. El 20 de diciembre de 1560 se abrió su sepulcro, que fue destruido, y sus huesos fueron quemados públicamente en un auto de fe. Sin embargo, los historiadores opinan hoy que, a diferencia de otros procesados, Juan Gil no llegó a caer en la herejía, aunque sí puede ser considerado como un heterodoxo.

Se cree que escribió varios manuscritos, hoy desaparecidos, con exégesis de textos bíblicos.