Natural de la villa de Madrid, donde asimismo murió en 1681, Miguel Pérez de Ceballos estudió en el alcalaíno colegio menor de San Felipe y Santiago, más conocido con el nombre de Colegio del Rey, siendo posteriormente catedrático de artes de la universidad y maestrescuela y abad -tomó posesión de este último cargo apenas quince días antes de su muerte- de la iglesia Magistral. También ejercería, entre los años 1660 y 1679, de obispo auxiliar de la diócesis de Toledo, siendo por último elegido capellán mayor de la congregación de sacerdotes naturales de Madrid tres años antes de su muerte.