Nacido en Salamanca hacia mediados del siglo XVI, fray Juan Portocarrero era de sangre noble al pertenecer a la estirpe de los condes de Palma. Profesó en la orden franciscana matriculándose en 1573 en el colegio menor de San Pedro y San Pablo, el colegio convento que los franciscanos tenían adscrito a la universidad alcalaína y cuyo edificio, vecino al del colegio mayor de San Ildefonso, está ocupado actualmente por dependencias de la actual universidad. Gozó de reputación de hombre docto, y llegó a ser confesor de la emperatriz doña María de Austria, hija de Carlos I y esposa del emperador alemán Maximiliano II. En 1602 fue nombrado obispo de Almería, diócesis de la que fue titular hasta su muerte en 1631. Organizador de esta diócesis recién constituida fundó en ella un seminario de acuerdo a las normas dictadas por el concilio de Trento, fomentando asimismo el culto al Santísimo Sacramento en la catedral almeriense. Aunque algunos autores le hacen también obispo, al menos electo, de Córdoba, Ángel Uribe en su libro sobre el colegio y los colegiales de San Pedro y San Pablo aclara que debe de tratarse de un personaje distinto del mismo nombre ya que las fechas dadas para este presunto obispado cordobés (1594 a 1597) son incompatibles con la biografía de fray Juan Portocarrero.