A lo largo de la mayor parte de sus cursos respectivos el Henares y el Tajuña discurren por cauces paralelos y muy próximos, y los escasos cursos de agua que manan en la zona de la Alcarria situada entre ambos ríos van a desembocar bien al Henares (el Badiel), bien al Tajuña (el Ungría), dado que no hay sitio material para un tercer río que no fuera tributario de ninguno de los dos.

La situación cambia cuando los dos ríos abandonan la provincia de Guadalajara para penetrar en la de Madrid. Así, mientras el Henares continúa con su misma orientación el Tajuña se desvía al sur, lo que hace que se forme entre los dos cursos de agua una pequeña cuenca tributaria del Jarama, la correspondiente a los arroyos Pantueña y su afluente el Anchuelo, cuenca a la que pertenece la mayor parte de la Alcarria complutense.

La capacidad de esta cuenca, acorde con lo limitado de su extensión y lo árido del terreno, es muy limitada; de hecho, la pertinaz sequía padecida estos últimos años ha acabado con la escasa cantidad de agua que estos arroyos transportaban incluido el principal de ellos, el Pantueña.

Nace el Pantueña a 870 metros de altitud en el lugar denominado Las Navas, al sur del municipio de Santorcaz. Desciende a continuación en dirección suroeste penetrando en el término municipal de Corpa, donde recibe por la derecha a los arroyos del Cocedero y de Valdenabos, este último en las proximidades del casco urbano. Ya con dirección oeste pasa cercano a Valverde de Alcalá, donde se le une por la derecha el arroyo del Valle. A continuación penetra en el término de Torres de la Alameda y, tras bordear por el norte al casco urbano y recibir por la izquierda a la poco importante vertiente de Torres, confluye con su principal afluente, el arroyo de Anchuelo, que se le une por la derecha, sin faltar mapas en los que se considera al Pantueña como afluente del Anchuelo, y no al contrario.

Torres de la Alameda, asentada en el valle del Pantueña
Fotografía de Carlos Delgado, tomada de la Wikipedia

Tras abandonar el término de Torres de la Alameda penetra el Pantueña por el norte del término de Loeches recogiendo por la izquierda al poco importante, pero largo arroyo del Val de Loeches, nacido en las proximidades de Pozuelo del Rey; continúa en dirección suroeste hasta el término municipal de Velilla de San Antonio, desembocando en el Jarama en las proximidades de este núcleo urbano a 553 metros de altitud.

Dado su origen de manantial su caudal es escaso, aunque constante en tiempos de pluviosidad normal a lo largo de sus casi 30 kilómetros de recorrido. Su valle, pequeño y poco profundo excepto en el tramo comprendido entre Loeches y la desembocadura, donde se encaja, corre paralelo como quedó dicho a los de los ríos Henares y Tajuña.

Por su parte el Anchuelo se forma al noroeste del término municipal de Santorcaz por la unión de los arroyos de la Dehesa y de las Fuentes, nacidos en el paraje denominado Llanos de Simón. Recién formado el Anchuelo sigue en dirección sur hasta el límite con el término municipal del pueblo homónimo. Adopta aquí la dirección suroeste y, tras pasar por las proximidades de la localidad de Anchuelo, que le da nombre, recoge por la derecha las aguas del arroyo del Cañaveral.

Todavía con régimen de aguas temporales penetra en el término de Villalbilla uniéndosele por la izquierda, al noroeste del mismo, el arroyo de las Morenas, que riega el casco urbano de este municipio. A partir de aquí, y ya con régimen de aguas permanentes, pasa por Los Hueros y penetra en el término municipal de Torres de la Alameda, cerca de la cual se une por la derecha con el arroyo Pantueña. Su curso, desde el nacimiento hasta la confluencia con el Pantueña, es de unos 16 kilómetros.

Pertenecen a la cuenca del Pantueña y su afluente el Anchuelo, en todo o en parte, los términos municipales de los siguientes pueblos, todos pertenecientes a la comarca de Alcalá: Los Santos de la Humosa, Santorcaz, Anchuelo, Corpa, Villalbilla, Valverde de Alcalá, Torres de la Alameda, Loeches, Velilla de San Antonio y Pozuelo del Rey, quedando fuera de entre los municipios de la Alcarria complutense los siguientes: Mejorada del Campo, que vierte sus aguas directamente al Jarama, Campo Real, que lo hace al mismo río merced al arroyo de Val Mayor, y Pezuela de las Torres, Nuevo Baztán, Olmeda de las Fuentes, Villar del Olmo, Ambite, Valdilecha y Orusco que pertenecen a la cuenca del Tajuña.