El Ejército, tan vinculado secularmente a Alcalá, no se mantuvo ajeno a ella en el siglo XXI, aunque el abandono de los cuarteles del Príncipe y Lepanto dejó reducida su presencia en la ciudad al acuartelamiento Fernando Primo de Rivera, en la carretera de Meco, y esto de forma temporal ya que estaba previsto que la Bripac lo abandonara definitivamente. En enero de 2001 se celebró un homenaje a la Academia de Caballería, radicada fugazmente a mediados del siglo XIX en el edificio del antiguo Colegio Mayor de San Ildefonso, y en febrero de 2004, con la asistencia de los reyes de España, la Bripac celebró el L aniversario de su creación. Las noticias luctuosas consistieron en el fallecimiento, el 2 de julio de 2005, del teniente general Tomás Pallás, fundador de la Bripac y muy vinculado de siempre a Alcalá, donde residía, razón por la que fue inhumado en el cementerio antiguo, y los ataques que sufrieron los efectivos de esta unidad militar destacados en países extranjeros: El 27 de junio de 2007 en el Líbano, con seis víctimas mortales, y el 24 de septiembre de ese mismo año en Afganistán, con el resultado de dos soldados muertos.

Aunque la Bripac había abandonado Alcalá en 2007 tras instalarse en su nuevo acuartelamiento de Paracuellos de Jarama, su vinculación con la ciudad se mantuvo firme, recibiendo de ésta su nueva bandera durante una solemne ceremonia que tuvo lugar en la plaza de Cervantes el día 28 de noviembre de 2009. Asimismo participaría, en junio de 2010, en el solemne izado de la bandera de España que se instaló en una de las rotondas del Chorrillo. En diciembre de 2013 se celebró en la plaza de Cervantes una solemne jura de bandera de civiles, acto que se repetiría en diciembre de 2014.

2018 trajo una noticia negativa, el anuncio en octubre del proyecto de cierre de la histórica base militar Fernando Primo de Rivera, donde habían estado asentados de forma sucesiva diversos regimientos de Caballería, el Centro de Instrucción de Reclutas número 2 y la Brigada Paracaidista hasta su traslado a Paracuellos de Jarama, permaneciendo en ella una sección del Grupo de Apoyo a la Proyección -un centro logístico del Ejército de Tierra- y una Unidad del Servicio de Acuartelamiento responsable de su custodia.

En enero de 2019 se celebró en el recinto de la antigua base aérea, actual campus de la Universidad, el septuagésimo aniversario del primer salto paracaidista militar en España, que tuvo lugar en Alcalá, descubriéndose una placa en el edificio del antiguo cuartel de paracaidistas del Ejército del Aire hoy ocupado por la facultad de Ciencias.

El 24 de febrero de 2020, en los actos de celebración del LXVI aniversario de la creación de la BRIPAC en su acuartelamiento de Paracuellos de Jarama, le fue otorgada al alcalde de Alcalá, Javier Rodríguez Palacios, la distinción de Caballero Almogávar Paracaidista de Honor en reconocimiento a la “estrecha colaboración entre la Brigada Paracaidista y el Ayuntamiento de Alcalá de Henares, especialmente impulsada por su persona, así como los trabajos para establecer una sala museo sobre la Brigada Paracaidista en una zona significativa del Casco Histórico de Alcalá”.

Tan sólo tres días más tarde, el 27 de febrero de 2020, tuvo lugar un hecho luctuoso, el accidente mortal de un avión C-101 que se estrelló en el Mediterráneo frente a la Manga del Mar Menor mientras realizaba ejercicios de entrenamiento. El piloto fallecido, el comandante Eduardo Fermín Garvalena, aunque nacido en Granada creció en Alcalá, viviendo durante muchos años en la Ciudad del Aire. Era un experto piloto con más de 2.000 horas de vuelo que había intervenido en misiones internacionales, y desde 2017 formaba parte de la Patrulla Águila, el grupo de vuelo acrobático del Ejército del Aire.

En septiembre de 2020 el Ayuntamiento aprobó dar su nombre a la zona arbolada, con instalaciones deportivas y recinto de juegos infantiles, que en ese momento se estaba construyendo en la Ciudad del Aire, y en noviembre de 2021 se acordó instalar un avión C-101 cedido por el Ejército del Aire, similar al que pilotaba el comandante, en la nueva rotonda de acceso a este barrio, el cual fue colocado en enero de 2022 inaugurándose la rotonda, con el nombre de glorieta del Ejército del Aire Español, el 7 de febrero de este año.

2021 se despidió con la firma en diciembre de un convenio entre el Ayuntamiento y la Bripac para la instalación del museo de esta unidad militar, que había sido trasladado a su nuevo acuartelamiento de Paracuellos de Jarama cuando la Bripac se instaló allí, el cual fue inaugurado en febrero de 2023, bajo el nombre de Sala Museográfica de la Brigada Paracaidista, en el recinto conocido como Loft Contemporáneo, situado en la plaza de San Lucas.

Otro aviador alcalaíno, el subteniente del Ejército del Aire Adolfo Baños, falleció el 5 de enero de 2023 junto con el instructor de vuelo Hugo López al estrellarse la avioneta que pilotaban, un aparato ultraligero de uso civil, en las cercanías del aeródromo de Los Garranchos, en la localidad murciana de San Javier.