El tránsito del año 2000 al 2001, coincidente con la entrada del nuevo siglo XXI, transcurrió en Alcalá sin grandes fastos, quizá debido a la reciente celebración un año antes, de forma errónea pero multitudinaria, del cambio de siglo y de milenio. Sin embargo, justo entonces se cumplía en la ciudad un acontecimiento histórico, el primer centenario de la Cruz del Siglo, erigida en el Campo del Ángel el día 1 de enero de 1901 por iniciativa municipal a instancias del padre Lecanda. Promovida la celebración del centenario por la Asociación Cultural Hijos y Amigos de Alcalá prácticamente en solitario, ésta tuvo lugar el 31 de diciembre de 2000 de forma harto modesta -una simple concentración ante el monumento- a causa de la indiferencia del equipo de gobierno municipal presidido por el alcalde Manuel Peinado, contándose tan sólo con la presencia, a título individual, de tres concejales complutenses. Sí asistió el obispo Jesús Catalá, estando asimismo ausente la otra gran institución alcalaína, la universidad.

Los primeros años del nuevo siglo XXI se caracterizaron por una cierta continuidad de los inmediatamente anteriores, aunque si fuera preciso destacar un hecho singular ocurrido durante este período de tiempo, es obligatorio hacer referencia al atroz atentado terrorista del 11 de marzo de 2004 que tan profundamente afectó a nuestra ciudad. Las bombas de los cuatro trenes afectados fueron depositadas en ellos en la estación de Alcalá, como puso de relieve la investigación policial a raíz del descubrimiento de la furgoneta en la que fueron trasladados los explosivos, abandonada por los terroristas en la vecina calle del Infantado. Entre el total de las 192 víctimas mortales se contabilizaron veintiséis alcalaínos, tanto españoles como inmigrantes extranjeros de diferentes nacionalidades -en especial rumanos-, aunque es posible que hubiera alguna víctima más residente en la ciudad, pero no empadronada en ella. Asimismo fueron numerosos los alcalaínos heridos, lo que convierte a este suceso en la mayor tragedia de la historia reciente de Alcalá, por encima incluso de la voladura del polvorín del puente Zulema en septiembre de 1947 o el incendio de los Talleres Penitenciarios a principios de los años setenta.

En las multitudinarias manifestaciones que se desarrollaron por toda España en los días posteriores a la masacre Alcalá no fue una excepción, y los medios de comunicación locales divulgaron una fotografía, tomada desde la torre de Santa María, en la que se aprecia a la plaza de Cervantes abarrotada de alcalaínos que, sin arredrarse ante la pertinaz lluvia, mostraron en silencio, pero con contundencia, su rechazo al terrorismo asesino. De hecho, y aunque esto no se aprecia en la fotografía, el recinto de la plaza, pese a su gran tamaño, resultó pequeño para acoger a todos los manifestantes, de modo que buena parte de los mismos -entre ellos el propio cronista- se vieron obligados a ocupar las calles cercanas, asimismo abarrotadas en buena parte de su recorrido.

Al igual que sucediera en la estación de Atocha y en otras de las pertenecientes al trayecto de los trenes de la muerte, la estación de Alcalá albergó durante meses un altar improvisado donde ciudadanos anónimos depositaban velas encendidas y mensajes de todo tipo, y asimismo el ayuntamiento complutense se comprometió a erigir un monumento a las víctimas en la plaza colindante a la estación, el cual fue inaugurado en el primer aniversario de la matanza. Éste consta de tres partes, un grupo escultórico en bronce obra de Miguel Ángel Sánchez, un elemento abstracto enfrentado a éste diseñado por Jorge Varas, y un monolito en el que se recogen los nombres de los alcalaínos víctimas del brutal atentado. El conjunto del monumento está dedicado a la esperanza, razón por la cual en el zócalo de su pavimento se labró una frase de María Zambrano alusiva a la misma. En 2014, coincidiendo con la conmemoración del décimo aniversario de la masacre, la plaza, denominada hasta entonces de la Estación, fue rebautizada con el nombre de Plaza del 11 de Marzo.

En el apartado de accidentes cabe reseñar, en la madrugada del 23 de noviembre de 2007, un espectacular choque entre dos trenes de mercancías en un cambio de agujas situado a la salida de la estación de Alcalá en dirección Guadalajara, por fortuna sin víctimas aunque algunos de los vagones llegaron a derribar la tapia del patio del colegio Doctora de Alcalá, a esas horas cerrado y vacío. La suerte quiso también que varios vagones cisterna descarrilados estuvieran vacíos, ya que de no ser así el accidente podría haber acarreado graves consecuencias. Un nuevo accidente ferroviario tuvo lugar el 22 de diciembre de 2017 cuando a causa de un fallo de frenado un tren de cercanías chocó contra un tope situado al final de la vía muerta en la que se estaba deteniendo. Gracias a que el impacto tuvo lugar a una velocidad reducida los daños fueron limitados, aunque una cuarentena de viajeros precisaron atención médica y dos de ellos tuvieron que ser hospitalizados.

Los accidentes de aviación también dejaron su huella en Alcalá. El 26 de abril de 2012 un C-101 de entrenamiento procedente de la base murciana de San Javier se estrelló en las cercanías del complejo penitenciario de la carretera de Meco falleciendo sus dos ocupantes, un instructor de vuelo y un alumno. Otro C-101 cayó al mar frente a la Manga del Mar Menor el 27 de febrero de 2020 falleciendo su piloto el comandante Eduardo Fermín Garvalena, un experimentado miembro de la Patrulla Águila. Aunque nacido en Granada vivió durante muchos años en la Ciudad del Aire, razón por la que en septiembre de ese año el Ayuntamiento aprobó bautizar con su nombre a una futura zona recreativa proyectada en el que fuera su barrio.

El 5 de diciembre de 2008 una violenta explosión de gas destruyó una vivienda de la calle Mayor hiriendo gravemente a su propietaria, que fallecería días más tarde. Un accidente similar ocurrido el 17 de junio de 2013, destrozó la fachada y parte de los forjados de un edificio de la calle Torrelaguna, provocó la muerte de su propietaria, heridas graves a una vecina y el desalojo del edificio, cuyas viviendas hubieron de ser reconstruidas.

Alcalá, tradicionalmente muy deficitaria en delegaciones de organismos oficiales, vio como el 17 de diciembre de 2014 comenzaba a funcionar, en el barrio de La Garena, la nueva Oficina Local de Tráfico -aunque según algunas fuentes ésta habría iniciado sus actividades, todavía en fase de pruebas, el día 1 de ese mes-, teniendo lugar su inauguración oficial el 15 de enero de 2015. Culminaba así una larga espera de diez años jalonada por una continua serie de dilaciones, con el edificio terminado y cerrado desde 2011 y el decreto de creación de esta delegación publicado en el BOE con fecha de 5 de junio de 2013, año y medio antes de su apertura efectiva.

Nuestra ciudad también ha puesto su granito de arena en los concursos musicales y más concretamente en el de Eurovisión, donde durante dos años consecutivos los representantes de España fueron alcalaínos: en 2009 Soraya, una extremeña residente en Alcalá con La noche es para mí, y en 2010 Daniel Diges, nacido y criado en ella con Algo pequeñito. Lamentablemente ninguno de los dos logró pasar de un discreto puesto: Soraya el vigésimo tercero y Daniel Diges el décimo quinto, en ambos casos sobre un total de veinticinco participantes. La anécdota desagradable de la actuación de Daniel Diges fue la irrupción en el escenario de un individuo aficionado a interrumpir espectáculos multitudinarios, en especial deportivos, con el consiguiente temor de que pudiera tratarse de un atentado terrorista. Aunque por fortuna todo se quedó en un susto, Daniel fue autorizado a repetir su interpretación al final de la gala, un caso insólito en toda la historia del festival.

El año 2020 quedó registrado en los anales de Alcalá como nefasto. Al igual que en el resto de España, por no decir del planeta, la pandemia de covid-19 se cebó con la ciudad paralizándola y provocando más de mil muertes en apenas nueve meses, aunque la cifra definitiva tendrá que esperar hasta la finalización de la epidemia, una catástrofe sanitaria a la que hay que sumar las graves consecuencias para la economía en un momento en el que a duras penas se iba recuperando de la crisis iniciada en 2008. Los primeros casos de la enfermedad se detectaron a principios de marzo, y no pasaron muchos días hasta que comenzó a ponerse a prueba la capacidad del hospital. El 10 se suspendieron las operaciones no urgentes y el 12 se comunicaban cinco fallecimientos. Todavía el 9 de marzo, el mismo día que la Comunidad de Madrid decretaba el cierre de los centros docentes, se celebraba en Alcalá una Milla por la igualdad organizada con motivo del Día internacional de las mujeres, pero tan sólo dos días más tarde el Ayuntamiento suspendía los actos en conmemoración de los atentados de Atocha. A partir de entonces la evolución de la pandemia en Alcalá siguió pautas similares a las del resto de España con el confinamiento decretado por el gobierno que provocó la paralización de la vida ciudadana durante varios meses en los que Alcalá gozó del triste privilegio de ser una de las poblaciones de la Comunidad de Madrid más afectadas por la pandemia, llegando a estar el hospital al borde del colapso, dándose el caso de una residencia de ancianos en la que entre marzo y julio habían fallecido casi la tercera parte de los ingresados.

La llegada del verano supuso un respiro y una cierta recuperación del pulso ciudadano, pero la segunda ola iniciada en septiembre provocó un repunte de casos en toda España aunque en esta ocasión Alcalá salió relativamente bien parada en comparación con la evolución de los municipios vecinos e incluso del de Madrid. Tras un descenso al finalizar el otoño, el puente de la Constitución y las fiestas navideñas causaron un nuevo incremento en los casos, o mejor dicho una tercera ola, que alcanzó su máximo a finales de enero de 2021 con valores superiores a los de las anteriores. La vacunación, que comenzó a finales de diciembre de 2020, se desarrolló durante 2021 con unos elevados índices de cobertura, lo que si bien redujo notablemente el porcentaje de casos graves y de muertes, no impidió que se repitieran otras tres oleadas de casos; la cuarta, relativamente moderada, en primavera, la quinta en verano y una sexta iniciada a principios de noviembre cuyo crecimiento exponencial triplicó con creces el de la que había sido la mayor hasta entonces, la tercera, la cual se esperaba que alcanzara el máximo hacia mediados de enero de 2022.

Durante las primeras olas de 2021 Alcalá se vio sujeta a varios períodos de confinamiento, bien en su totalidad bien algunas de sus áreas de salud, y restricciones, unas medidas cuestionadas por su dudosa efectividad. Por el contrario, durante la sexta ola y pese a unos índices de incidencia mucho más elevados, las restricciones sanitarias fueron mucho más laxas bajo el argumento de que los altos índices de vacunación y la aparentemente menor virulencia de la nueva cepa del virus las hacían innecesarias, algo asimismo cuestionable puesto que tanto los ingresos hospitalarios como los fallecimientos volvieron a crecer de nuevo.

Y como las desgracias nunca vienen solas, este año de 2020 trajo también su cuota de desastres naturales, con las borrascas Gloria en el mes de enero y Bárbara en la de octubre provocando cuantiosos daños en la ciudad; aunque sus efectos quedarían minimizados por los destrozos de Filomena, que entre los días 6 y 11 de enero provocó unas nevadas históricas las cuales, combinadas con una posterior ola de frío asimismo histórica, colapsaron por completo buena parte de España, siendo la zona centro y por ende Alcalá y la totalidad de la Comunidad de Madrid, la más afectada al quedar prácticamente paralizada durante varios días, sin que se pudiera recuperar la normalidad hasta pasadas casi dos semanas. Los daños, muy cuantiosos, fueron estimados por el Ayuntamiento en 13 millones de euros, quedando para la historia unas fotografías insólitas de Alcalá que cabe esperar tarden mucho en repetirse, puesto que para encontrar otra nevada similar es preciso remontarse más de un siglo.

Fruto en parte de la pandemia, y en parte por otras causas, Alcalá vio desaparecer en este año negro y los primeros días de 2021 a varias personas que se habían significado por diferentes motivos en la ciudad: los sacerdotes Manuel Palero y Ángel Alba, el poeta Luis de Blas, el fotógrafo Baldomero Perdigón, la activista vecinal Dolores Palenzuela, el sindicalista y ex concejal Magdaleno García-Alcalá, la también ex concejal Pilar Revilla tan sólo dos semanas antes que su esposo Arsenio Lope Huerta, y el ex concejal Jesús Pajares. Por su parte, en 2021 hubo que lamentar la muerte del escritor Sergio Coello. En 2022 fallecieron Araceli Piquet, activista vecinal y sindical durante el franquismo, y Paz Carrero, fundadora del grupo de teatro TELA.