Las elecciones municipales de mayo de 2003 supusieron un vuelco político de consideración, ya que el contestado -incluso dentro de su propio partido- alcalde socialista Manuel Peinado no sólo fue derrotado sin paliativos, sino que el Partido Popular consiguió, por vez primera en su historia, una mayoría absoluta con 14 concejales, frente a los 10 del PSOE y los 3 de Izquierda Unida, lo que llevó a Bartolomé González de nuevo a la alcaldía, sin que en esta ocasión se viera amenazado por la espada de Damocles de una posible coalición de los dos partidos de izquierdas. Tan sólo unos meses después de las elecciones, en octubre de 2003, Peinado renunciaba al acta de concejal, reintegrándose a su cátedra universitaria.

Cuatro años más tarde, en las elecciones de mayo de 2007, el PP revalidó la mayoría absoluta manteniendo sus 14 concejales, mientras un renovado PSOE -su lista estaba compuesta, en su práctica totalidad, por jóvenes candidatos bisoños- conseguía frenar su declive, si bien no lo suficiente, aumentando a 11 concejales su representación municipal a costa de arrebatar uno a Izquierda Unida, que veía así reducida su presencia a tan sólo dos ediles. Consecuentemente Bartolomé González revalidó la alcaldía y, confirmando su gran momento político, en noviembre de 2007 sería nombrado presidente de la Federación Madrileña de Municipios.

En las elecciones de mayo de 2011, y a diferencia de la tendencia general en el ámbito nacional, Alcalá fue una de las pocas poblaciones importantes españolas en las que, pese a volver a ser el partido ganador, el PP experimentó un importante retroceso tanto en votos como en número de concejales electos, perdiendo dos de ellos hasta quedar en 12. En cuanto al resto de los partidos, el PSOE no pudo aprovechar la bajada del PP, perdiendo otros dos concejales hasta quedarse en 9, e Izquierda Unida recuperó el concejal que había perdido cuatro años atrás volviendo a contar con tres. Los tres concejales restantes se los repartieron dos fuerzas políticas que entraron por vez primera en el ayuntamiento, Unión Progreso y Democracia, que logró dos, y el partido de extrema derecha España 2000, que se hizo con el acta restante. Como consecuencia de este reparto, el más fragmentado de los últimos años con un total de cinco partidos con representación municipal, el PP perdió la mayoría absoluta, aunque Bartolomé González logró revalidar la alcaldía gobernando en minoría. Apenas un año más tarde, en julio de 2012, Bartolomé González dimitió de su cargo, manteniendo el acta de diputado autonómico que había conseguido también en las elecciones de 2011.

En sustitución suya fue nombrado nuevo alcalde Javier Bello, también del PP, el cual hubo de afrontar la dificultad de gobernar en minoría, salvándose de la moción de censura en mayo de 2013 por la negativa de IU a sumarse al pacto acordado por PSOE y UPyD.

Las elecciones municipales celebradas en mayo de 2015, cuando ya el bipartidismo tradicional comenzaba a mostrar sus fisuras, supusieron un vuelco importante en la configuración política de la corporación complutense. El partido ganador fue el PP con 8 concejales, seguido por el PSOE con 7 y por los nuevos partidos Somos Alcalá -la marca local de Podemos- con 6 y Ciudadanos con 4. Las dos concejalías restantes fueron para España 2000, que mantuvo su escaño, y para Izquierda Unida, que quedó reducida a su mínima expresión. Unión Progreso y Democracia, por último, se hundió arrastrada por la crisis nacional de este partido, perdiendo sus dos concejales. La complicada fragmentación política se resolvió en base a un pacto tripartito entre el PSOE, Somos Alcalá e Izquierda Unida, cuya suma de 14 concejales les permitió alcanzar la mayoría absoluta gracias a la cual pudo ser investido alcalde el socialista Javier Rodríguez Palacios, pasando Javier Bello a encabezar la oposición hasta que, en noviembre de este mismo año, dimitió tanto de concejal como de su cargo de presidente local del PP.

Cuatro años más tarde, en mayo de 2019, la nueva convocatoria a las urnas volvió a repetir el reparto de concejalías entre la izquierda -14- y la derecha -13-, aunque de forma muy diferente en relación a las diferentes candidaturas. El PSOE fue el principal beneficiado ya que pasó de 8 a 12 concejales, constituyéndose en el partido más votado. A su izquierda hubo también grandes cambios, pero de signo opuesto, en relación con los resultados de 2015, ya que Somos Alcalá, escindida de Podemos, no consiguió ningún concejal mientras Podemos, pese a presentarse conjuntamente con Izquierda Unida, tan sólo logró dos, por lo que en su conjunto las candidaturas de extrema izquierda -hubo alguna más que tan sólo alcanzó resultados testimoniales- perdieron los cuatro concejales que ganó el PSOE.

Un terremoto mayor, si cabe, tuvo lugar en el campo de la derecha. El PP perdió tres concejales pasando de 8 a 5, dos de los cuales engrosaron el grupo municipal de Ciudadanos, que subió de 4 a 6. El tercero de los perdidos por el PP, junto con el de España 2000, pasaron a poder de Vox, que se presentaba por vez primera a las elecciones municipales aglutinando el voto más conservador.

En consecuencia se repitió el pacto de 2015 entre el PSOE y Podemos-IU, aunque con una relación de fuerzas mucho más favorable al partido socialista, que revalidó la alcaldía de Javier Rodríguez Palacios. No obstante las diferencias existentes entre el PSOE y la coalición de Podemos e Izquierda Unida, a su vez dividida y prácticamente desintegrada, motivaron un acercamiento del PSOE a Ciudadanos, con cuyo apoyo se aprobaron los presupuestos de 2020 con los votos negativos de PP, Vox y sorprendentemente -o quizá no tanto- Podemos e IU. La alianza de hecho entre el PSOE y Ciudadanos se oficializó en diciembre de 2021 con la firma de un acuerdo de gobierno de los dos partidos hasta las próximas elecciones, lo que garantizaba una holgada mayoría absoluta de 18 concejales y la aprobación de los presupuestos.

En el capítulo de reconocimientos cabe reseñar la concesión de la Medalla de Oro de la Ciudad en febrero de 2020 al ex alcalde Arsenio Lope Huerta, por “el enorme trabajo realizado por Arsenio Lope Huerta para defender y recuperar el Patrimonio de nuestra ciudad en unos momentos muy complicados, su amor por Alcalá y el trabajo que día a día sigue desarrollando Arsenio Lope Huerta junto a la sociedad civil”. Una segunda Medalla de Oro fue acordada en abril de este mismo año para el Hospital Universitario Príncipe de Asturias en “reconocimiento y apoyo moral al enorme esfuerzo realizado por todos sus trabajadores frente al Covid-19 y el que todavía queda por delante”, así como para dar fe de la vinculación especial existente entre la ciudad y el hospital durante más de treinta años, aunque no fue entregada hasta dos años más tarde en un acto de homenaje a todas las personas e instituciones que colaboraron en los momentos más duros de la pandemia de covid 19.