En lo que lleva transcurrido del siglo XXI hubo varios acontecimientos de índole religiosa dignos de ser recordados. Las largas obras de restauración de la Catedral-Magistral concluyeron al fin tras la inauguración del órgano -en marzo de 2001- y la finalización de la restauración de las fachadas, en julio de 2003, aunque esta última no debió de tener carácter definitivo ya que volvió a ser retomada en 2007, al tiempo que la torre se volvía a restaurar en 2010. La inauguración oficial del Palacio Arzobispal y la propia Catedral-Magistral, ya rehabilitados, tendría lugar en abril de 2011, y al terminar ese mismo año las obras de restauración del antiguo convento de las Bernardas continuaban a buen ritmo.

El día de Santiago de 2001 se conmemoró el V centenario de la fundación de la parroquia de Santiago por el cardenal Cisneros, ubicada desde 1972 en su actual templo de la plaza de la Constitución, y en abril de 2002 se reabrió la parroquia de Santa María una vez terminadas las obras de restauración de este templo. Tras la restauración de la aneja Capilla de las Santas Formas ésta fue abierta al culto en mayo de 2012, asentándose en ella la sección local de la Adoración Nocturna. En octubre de 2008 Jesús Catalá, titular de la diócesis complutense, fue nombrado obispo de Málaga, tomando posesión de su nueva sede un mes más tarde al tiempo que abandonaba la alcalaína. Su sucesor, Juan Antonio Reig Pla, anteriormente obispo de Murcia, tomaría posesión de la sede complutense el 25 de abril de 2009.

Ya en noviembre de 2004, se hacía pública la concesión del jubileo de los santos Justo y Pastor, compartido con la vecina localidad de Tielmes, entre el 6 de agosto de 2005 y el 6 de agosto de 2006, con motivo de la celebración del XVII centenario de su martirio, el cual transcurrió en Alcalá -no así en Tielmes-, justo es decirlo, con bastante más pena que gloria. Por iniciativa personal de monseñor Reig Pla el 7 de marzo de 2011 se reinstauró la conmemoración de la reversión de las reliquias de estos mártires, traídas desde Huesca y recibidas solemnemente en Alcalá el 7 de marzo de 1568, con una procesión que se ha seguido realizando en años posteriores.

En marzo de 2018 se celebró el 450º aniversario de la reversión de sus reliquias. Lamentablemente la lluvia obligó a la suspensión de la procesión que habría recreado a la que tuviera lugar en 1568 aunque sí se pudo cumplir el resto del programa. Junto con una exposición conmemorativa, la gran novedad fue la llegada de las arcas de las reliquias oscenses, las cuales acompañaron a las alcalaínas en diversos actos litúrgicos celebrados tanto en Alcalá como en otras localidades de la diócesis, con especial relevancia Tielmes.

Un año más tarde, en junio de 2019, le llegó el turno al IV centenario del reconocimiento del milagro de la incorrupción de las Santas Formas, que fue conmemorado celebrándose varios actos litúrgicos así como dos procesiones, el día 1 el traslado de la réplica de la custodia desde su capilla de la parroquia de Santa María hasta la Catedral-Magistral, y el día 2 con una solemne procesión en sentido inverso, con una bendición del Santísimo en el patio del Palacio Arzobispal. Los actos se completaron con un ciclo de conferencias y la presentación de la reedición del Auto sacramental famoso de las Santísimas Formas de Alcalá de Juan Pérez de Montalbán.

Otros datos reseñables fueron la creación, en octubre de 2013, de la nueva parroquia de Santa Teresa de Jesús en el barrio de La Garena, y el inicio de la construcción, en marzo de 2014, del nuevo templo de la parroquia de Santo Tomás de Villanueva, que desde su fundación en 1999 se había albergado primero en la capilla de la residencia de ancianos Francisco de Vitoria y posteriormente en unos barracones provisionales en el barrio de Espartales. Finalizadas las obras en la primavera de 2016, el templo fue consagrado el 21 de mayo de ese año.

En lo que respecta a las congregaciones religiosas, se dieron las dos caras de la moneda. En abril de 2015 se asentó en Alcalá una comunidad de la orden de las Siervas del Hogar de la Madre, la cual fue acomodada en el antiguo convento de las Bernardas. Año y medio más tarde, el 14 de octubre de 2016, las religiosas carmelitas del convento de Afuera, incapaces de mantenerlo, se trasladaron al de la Imagen, por lo que éste quedó cerrado, al menos de forma temporal, sin que por el momento se conozca cual pueda ser su destino definitivo. En 2018, año en el que se celebraban los 125 años de su llegada a Alcalá, se comunicó la posibilidad de que de la comunidad de las Siervas de María abandonara también la ciudad, hecho que se consumó en 2019.

Dentro del apartado de atención a los necesitados, la entonces recién creada cofradía de la Virgen de las Angustias abrió una Casa de Acogida en 2002. A ella se sumaron, años después, dos iniciativas diocesanas: en 2012 el Centro de Día San Diego de Alcalá, y en 2015 la Casa de Acogida San Juan Pablo II.

En octubre de 2015 se conmemoró el quinto centenario de la elevación a la categoría de Magistral de la antigua parroquia de los Santos Justo y Pastor, y en diciembre de ese año el obispado complutense se sumó al Año Jubilar de la Misericordia proclamado por el Papa, cuya clausura coincidió, en octubre de 2016, con el vigésimo quinto aniversario de la reinstauración de la diócesis. Para celebrar esta efeméride se tallaron unas réplicas de las imágenes de los Santos Niños que, junto con unas reliquias de estos mártires, iniciaron un recorrido por las parroquias de la diócesis. Asimismo en noviembre de 2016, coincidiendo con el quinto centenario del fallecimiento del Cardenal Cisneros, se inauguró el Año Cisneros en homenaje al prelado que tanta importancia tuvo en la historia de Alcalá, descubriéndose una estela funeraria en la girola de la Catedral-Magistral. En enero de 2018, concluida ya la conmemoración, tuvo lugar la inauguración de un grupo escultórico en la lonja de la Catedral-Magistral, con la figura del cardenal flanqueada por las de los santos Justo y Pastor.

La Semana Santa, declarada en 2004 fiesta de interés turístico regional y en 2019 de interés turístico nacional, siguió con su línea ascendente, con la consolidación de las cofradías existentes y la fundación de otras dos nuevas: en 2013 la de Nuestro Padre Jesús Resucitado y Nuestra Señora de la Salud y el Perpetuo Socorro, que se hizo cargo de la procesión del Domingo de Resurrección, y en 2016 la de Jesús Despojado de sus Vestiduras, María Santísima de la Paz y San Juan Evangelista, la cual participó por vez primera en la Semana Santa de 2017 en la tarde del Domingo de Ramos. Lamentablemente en 2020, su primer año como fiesta de interés turístico nacional, hubo de ser suspendida a causa de la pandemia de covid-19. La supresión de las procesiones se repitió por idéntico motivo en 2021, sustituyéndose éstas por actos religiosos organizados por las cofradías en sus respectivos templos.

Asimismo durante estos años fueron numerosas las incorporaciones de nuevos pasos o la ampliación de los ya existentes con nuevas figuras: en 2001 la Virgen de las Angustias; en 2004 Cristo Resucitado; en 2006 la Entrada de Jesús en Jerusalén y la Virgen de las Lágrimas, esta última adquirida por la cofradía del Cristo de la Columna; en 2008 la Virgen de la Misericordia, segundo paso de la cofradía del Cristo de la Esperanza y el Trabajo, y las primeras figuras de sendos pasos de misterio promovidos respectivamente por las cofradías de la Virgen de la Soledad (Cristo en su Descendimiento) y de la Virgen de las Angustias (Nuestro Señor de la Divina Misericordia).

En 2009 al paso de Cristo en su Descendimiento se sumó la figura de Nicodemo, y la cofradía del Cristo de la Agonía completó el paso de Jesús Nazareno con la Cruz a Cuestas con la imagen de la Verónica. Las novedades de 2010 fueron María Magdalena, que la cofradía del Cristo de la Agonía incorporó a su paso titular, y la recuperación porla cofradía del Santo Entierro del antiguo paso de los Atributos de la Pasión. Durante la Semana Santa de 2011 la cofradía de la Virgen de las Angustias estrenó su nuevo paso de las Negaciones de San Pedro, todavía incompleto, con las imágenes de Nuestro Señor de la Divina Misericordia y de San Pedro, al que en 2012 se incorporaron las de Caifás y la posadera, y también en 2012 la imagen de José de Arimatea se sumó al paso de Cristo en su Descendimiento.

En 2013 la nueva hermandad de Jesús Resucitado, además de hacerse cargo de la imagen de Cristo Resucitado, adquirió la imagen de la Virgen de la Salud como su segundo paso. En 2015 le llegó el turno a la cofradía de Jesús de Medinaceli, que completó el paso de la Virgen de la Trinidad con una nueva imagen de San Juan Evangelista. 2016 trajo dos novedades, ambas de la mano de la nueva cofradía de Jesús Despojado de sus Vestiduras: la imagen titular y la de la Virgen de la Paz y Esperanza, aunque esta última por el momento no participa todavía en la procesión de su cofradía. En 2019 el paso de las Negaciones de San Pedro se vio incrementado con la figura de Nicodemo, y en 2020 se incorporó la figura de San Juan al de Cristo en su Descendimiento, aunque por las circunstancias ya explicadas todavía no ha podido tomar parte en su procesión del Viernes Santo. La cofradía de Jesús Despojado presentó en 2020 la figura de un sayón para el paso de su imagen titular, que por idéntica razón tampoco pudo hacerlo en la Semana Santa de 2021.

Aunque desde 2011 la imagen de san Diego existente en la Catedral-Magistral participaba en la procesión del Corpus junto con la custodia, los Santos Niños y, desde 2018, la nueva imagen de san Félix, este santo tan vinculado a Alcalá carecía de procesión propia. Fue durante su festividad de 2017 cuando la hermandad de Jesús Resucitado comunicó su adopción como santo titular, celebrando un año más tarde, el 11 de noviembre de 2018, la primera procesión con una nueva imagen encargada ex profeso. Tan sólo una semana más tarde la parroquia de San Diego celebró su quincuagésimo aniversario con una procesión extraordinaria de la imagen que se venera en el templo, la cual recorrió por vez primera las calles de su circunscripción eclesiástica. Pese a ello la parroquia volvió a celebrar la procesión en 2019 prolongando su recorrido hasta el convento de San Diego, de modo que por segundo año consecutivo hubo una duplicidad de procesiones dado que la cofradía también realizó la suya propia. Tras la interrupción de 2020 ambas procesiones volvieron a celebrarse en 2021, aunque en esta ocasión la hermandad utilizó la imagen de la Catedral-Magistral debido a que la suya estaba siendo sometida a una restauración.

La pandemia de covid-19 afectó en 2020 a la mayor parte de las procesiones que a lo largo del año se celebran en Alcalá, ya que salvo las que tuvieron lugar en los meses de enero y febrero, como la bendición de los animales en San Antón o la de Santa Águeda, todas las demás hubieron de ser suspendidas aunque en algunos casos se celebraron actos litúrgicos en el interior de la Catedral-Magistral, como ocurrió con la del Corpus Christi -el obispo celebró también una exaltación de la Eucaristía en la Plaza de los Santos Niños-, la de los Santos Niños y la de la Virgen del Val, o en la parroquia de Santa María la de las Santas Formas.

La situación se repitió en 2021 a la inversa, ya que durante la primera mitad del año las procesiones continuaron suspendidas incluyendo de nuevo las de Semana Santa. La primera procesión que pudo salir a la calle fue la de los Santos Niños con un recorrido más corto, mientras las dos de la Virgen del Val sí pudieron celebrarse con normalidad, al igual que todas las posteriores hasta finalizar el año.

Asimismo hubo de ser aplazada la coronación canónica de la Virgen del Carmen, prevista inicialmente para el 3 de octubre de 2020, hasta septiembre de 2021, volviéndose a aplazar por segunda vez en abril de este año sin que la hermandad haya fijado por el momento una nueva fecha.

2022 fue el año en el que las procesiones recuperaron la normalidad, tanto las de Semana Santa como las dedicadas a diferentes eventos religiosos. Durante la Semana Santa las cofradías pudieron sacar a la calle sus novedades, en ocasiones retrasadas durante años a causa de las restricciones: el San Juan Evangelista del paso del Descendimiento, un sayón del de Jesús Despojado y el soldado romano que completó las Negaciones de San Pedro. Hubo también una procesión extraordinaria de Santa Teresa de Jesús acompañada por la impresionante talla del Cristo del Silencio que, partiendo del convento de la Imagen, recorrió las calles de Alcalá el 15 de octubre en conmemoración del V centenario del nacimiento de la santa carmelita.

Un acontecimiento importante fue la dimisión del obispo complutense Juan Antonio Reig Pla por haber cumplido la edad reglamentaria. Presentada su renuncia en julio ésta fue aceptada por el Papa en septiembre, nombrándose en su lugar como administrador apostólico de la diócesis al obispo auxiliar de Madrid Jesús Vidal Chamorro, sin que al terminar el año hubiera tenido lugar el nombramiento de un nuevo obispo.